Целостная философская концепция Локка включала в себя главные разделы, из которых в новое время, в частности в XVII в., обычно составлялась разработанная по более или менее единому плану философия. В нее входили: философское учение о мире, о человеке, теория познания, концепция общества (философия политики, государства, религии). Эти части философии Локк, как и его предшественники, мыслил зависимыми друг от друга и как бы выстроенными вокруг коренных проблем, от решения которых зависит построение здания философского и, шире, научного знания и познания.
С Проблемам философии природы, философии естествознания Локк придавал весьма важное значение. Он обсуждал их в переписке с Р. Бойлем, И. Ньютоном, в ряде своих произведений. Однако размышления на эту тему (например, в сочинении «Элементы натуральной философии», 1698) сравнительно немногочисленны и не обнаруживают характерных для этого мыслителя яркости и оригинальности. Человек, его познание, общество — вот те главные проблемы, в осмысление которых Дж. Локк вносит оригинальный вклад, сопоставимый с достижениями других его великих современников.