"Веротерпимость, согласно Локку, — главная характеристика "истинной церкви". Это согласуется, считает философ, с главными целями "истинной религии", которые состоят не в достижении внешнего блеска и помпезности, а в регулировании человеческой жизни на основе правил благочестия и сострадания» Нельзя позволять людям использовать всуе имя христиан, если они не оправдывают его святостью жизни, чистотой помыслов и высотой духа, если христианская религия не укоренена в их сердцах. Локк считает абсолютно неприемлемыми такие действия во имя христианства, при которых веру полагают возможным укреплять и поддерживать огнем и мечом. Такие методы — несовместимые с любовью, состраданием, спасением, прощением и другими ценностями, которые стоят в центре христианского вероучения, — наносят христианству, славе Бога, больший вред, чем некоторые отклонения от веры, строго караемые церковью.
Локк приводит эти и многие другие аргументы, страстно защищая веротерпимость, что было одной из главных заслуг английского мыслителя и что стало также поистине великой идеей его философии, на которую в дальнейшем опирались многие его современники и потомки. В общественной жизни, настаивает Локк, функции государственного управления и внутренние задачи церкви и религии должны быть строго различены и отделены друг от друга. Гражданские, или государственные, власти посвящают себя опирающейся на закон защите гражданских интересов, или интересов граждан (civil interests), каковыми являются: жизнь, свобода, здоровье, обладание "внешними вещами" (к последним относятся деньги, земли, дома, домашняя утварь и т.д.). Компетенция властей не простирается на то, что относится к "вещам внутренним", т.е. к душе. Бог, согласно Локку, не вверял, не "поручал" правителям заботы о вере и спасении, которые принадлежат исключительно к компетенции религии и её институтов. Методы деятельности управляющих государственных инстанций и институтов религии тоже различны. Одно дело — управлять, организовывать и командовать, действуя компетентно и грамотно, а другое дело — убеждать и увещевать, обращаясь к духу и душе человека. Отсюда Локк делает вывод, что даже разработка законов, относящихся к вере, религии, церкви, есть не дело магистратов, а компетенция церкви. Но сама церковь должна оставаться исключительно свободным и добровольным объединением людей во имя служения Богу и спасения своих душ. Принадлежность к соответствующим церкви и вероисповеданию должна определиться не фактом рождения: каждый человек вправе свободно и самостоятельно определять, к какой именно церкви, т.е. к какому именно свободному добровольному сообществу, он хотел бы примкнуть. Но и церковь не должна претендовать на то, чтобы от своего имени или во имя веры принимать решения относительно состава гражданских дел и характера их исполнения, хотя мнения церкви и верующих по этим вопросам гражданские власти обязаны принимать в расчет. Не дело церкви — брать на себя роль гражданских инстанций и тем более принимать участие в преследованиях граждан-иноверцев, в которые иногда в политических и экономических целях втягивает их государство.
Установив эти принципы свободы вероисповедания и разделения сфер компетенции государственных и церковных властей, Локк, тем не менее, реалистически осмысливает часто возникающие здесь конфликты и противоречия. И во всех случаях либеральный, гуманистический — в толковании Локка истинно христианский — принцип веротерпимости последовательно ставится во главу угла.
Таковы основные принципы и идеи философии Дж. Локка, философии, оказавшей глубокое воздействие на современную ему и последующую культуру. Она остается актуальной и в наши дни. К ней обращаются и на нее ссылаются философы, социологи, естествоиспытатели, политики, юристы, педагоги, теологи. Это значит, что философия Локка продолжает свою жизнь в царстве человеческого духа. И сама полемика с нею становится способом дальнейшего развития философской мысли, что мы увидим на примере другого великого философа и ученого XVII в., Лейбница.