В мыслительной конструкции Флоренского, одновременно богословской и метафизической, есть один элемент, о котором чрезвычайно важно сказать не только потому, что он дополняет эту конструкцию — без него нельзя верно оценить идею триединства. К тому же он, этот элемент, тесно связан с последующими книгами Флоренского. Речь идет о понятии Софии Премудрости Божьей. И собственно триединство, говорит Флоренский, дополняется еще четвертым ипостасным элементом, которым является Любовь Божия, или Мудрость Божия, именуемая Софией Премудростью. Чрезвычайно характерна та подробность, с которой Флоренский разбирает тему Софии. Он делает это потому, что идея Софии Премудрости Божьей — и очень давняя из древних традиций (в том числе традиций гностиков, традиций, проходящих сквозь всю историю христианской мысли), и весьма популярная в российском философствовании XIX—XX вв. Флоренский подробнейшим образом уточняет характеристики Софии в различных религиозно-философских, метафизических учениях — именно для того, чтобы отмежеваться от них и выдвинуть свое понимание, хотя, конечно, он поддерживает некоторые оттенки толкований своих предшественников и современников.
В чем же смысл понятия Софии в метафизическом и в метафизически-богословском учении Флоренского? Во-первых, чрезвычайно важно, что София в метафизической конструкции служит носителем и символом единства, причем такого единства, которое охватывает и самую Троицу. Это также и единство Божества с миром. "София, — пишет Флоренский, — есть Великий Корень цело-купной твари [...т.е. все-целостная тварь, а не просто вся], которым тварь уходит во внутри-Троическую жизнь и через который она получает себе Жизнь Вечную от Единого Источника Жизни; София есть перво-зданное естество твари, творческая Любовь Божия". «В отношении к твари, — продолжает Флоренский, — София есть Ангел-Хранитель твари, Идеальная личность мира. Образующий разум в отношении к твари, она — образуемое содержание Бога-Разума, "психическое содержание" Его, вечно творимое Отцом через Сына и завершаемое в Духе Святом: Бог мыслит вещами. Поэтому, существовать — это и значит быть мыслимым, быть памятуемым или, наконец, быть познаваемым Богом».
Именно творение бытийственности, сохранение ее возлагается на четвертую ипостась — Софийность. К Софийности в богословском и метафизическом смысле Флоренский присоединяет еще одну сторону единства, когда перекидывает мост от космического к человеческому. «Если София есть вся Тварь, то душа и совесть Твари, — Человечество, — есть София по преимуществу. Если София есть все Человечество, то душа и совесть Человечества, — Церковь, — есть София по преимуществу. Если София есть Церковь Святых, то душа и совесть Церкви Святых, — Ходатаица и Заступница за тварь пред Словом Божиим, судящим тварь и рассекающим ее надвое, Матерь Божия, — "миру Очистилище", — опять таки есть София по преимуществу. Но истинным знамением Марии Благодатной является Девство Ее, Красота души Ея. Это и есть София»20. В этом смысле приобщенность человека к софийности имеет огромное значение. "...Сокровенный сердца человек в нетленной красоте кроткого и молчаливого духа" — тоже возводится к Софии и Софийности.
Символу Софии вверяется еще одна объясняющая функция. София как бы ответственна за красоту мира. Она является и "художницей при Боге", она обусловливает, символизирует красоту творения, красоту целостности. Итак, София есть символ в самом широком смысле: символ Единства, Красоты, Девственности, Любви.