Философия Аристотеля только на последней, высшей стадии средневековья была признана наиважнейшим и величайшим заветом антики, и в то же время она была деформирована в целях приспособления к потребностям церковной ортодоксии. Поэтому понятно, что новое мышление Ренессанса осуждало Аристотеля и усматривало в нем главного учителя схоластики. Отвержению Аристотеля способствовало и его оправдание со стороны консервативного ортодоксального католицизма .
Переход к изучению подлинного Аристотеля является длительным процессом, который связан с общим созреванием философского мышления. Ренессанс выступает как начало этого поворота в истории философии. Аристотелики Ренессанса способствовали этому процессу тем, что критиковали аристотелевский томизм. В рамках этой критики они часто выступали и против аверроизированной формы аристотелизма, которая была несколько ближе к подлинной философии Аристотеля. Возникают две полемизирующие друг с другом школы: александристов, которые сосредоточились вокруг университета в Болонье, и падуанских аверроистов. Их спор касался прежде всего вопроса о бессмертии души, характерным было, однако, то, что это уже не был спор, ведущийся с позиций защиты средневековых томистских традиций. Таким образом, падение «схоластического» Аристотеля было неотвратимо.
Пьетро Помпонацци (1462—1525} принадлежал к александристам. Его творчество является наглядным доказательством перемены старого, средневекового университетского аристотелизма, превращения его в ренессансный. Его учение сохранило внешнюю форму средневековых традиций, однако содержало уже новую философию, которая отказывалась от схоластической косности.
В рамках теории двойственной истины Помпонацци проводит прогрессивные идеи о независимости философии от теологии; философия должна исходить из, научных принципов, истина является результатом рационального познания. Религию следует сохранить лишь для воспитания народа.
К главным трактатам Помпонацци относятся «О бессмертии души», «О причинах явлений природы», «О судьбе, свободе воли, предопределении и божественном предвидении».
Трактат «О бессмертии души» является результатом длительных рассуждений. Решение вопроса о бессмертии души Помпонацци совпадает с положениями Ренессанса о необходимости естественной этики, отвергающей откровение и чудеса. Он ссылается на учение Аристотеля о зависимости идей от органов чувств, о неотделимости души от тела — душа является материальной и поэтому смертной. Бессмертие души нельзя рационально, философски обосновать, в него можно лишь верить. Человек «бессмертен» лишь потому, что он способен мыслить общими понятиями, абстрагироваться от единичного, частного, отдельного. То, что человек образует представления о нематериальных, бессмертных духовных сущностях, является доказательством различия между человеческой и животной чувственностью, инстинктивностью. Преимуществом человека является не достижение бессмертия, как учат средневековая этика, философия и теология, но возможность достижения счастья и блаженства на основе рационального познания, что является целью и смыслом существования рода человеческого вообще. Этика Помпонацци — антропологическая и светски ориентированная — существенно отличается от христианского аскетизма. Книга «О бессмертии души» вызвала неприязнь клерикалов и была публично сожжена.
Трактат «О причинах явлений природы» указывал путь новому естествознанию. Рациональное, материалистическое объяснение природных процессов и явлений становится актуальным в эпоху, когда в Италии, в Западной и Северной Европе велась «охота на ведьм». Согласно Помпонацци, ангелы и демоны не имеют телесных органов чувств и поэтому не должны ввязываться в дела людей. Эти идеи, несмотря на их наивную аргументацию, обозначали правильное направление поисков, Помпонацци верил, что космическое движение подчиняется всеобщим естественным закономерностям, что все в природе имеет причину. Мир подчинен вечному закону движения, все возникает, изменяется и гибнет. Это приводит к постоянному повторению. Понятие детерминизма у Помпонацци выливается в представление о вечном круговороте движения, о движении по кругу.
В трактате «О судьбе, свободе воли, предопределети и, божественном предвидении» он выражает идею, что случайные события являются проявлением, общей необходимости (она подобна небу или интеллекту), которая выступает как фатум, судьба. Человеческое поведение также определяется отношением причин и следствий. Человек может выбирать, но при этом его выбор обусловлен внешней объективной средой и собственной природой. Помпонацци указывает также на божественное предопределение и личную ответственность индивида: как может бог судить о единичном индивидуальном человеческом поведении, если он является абсолютной причиной всего существующего, а значит, и человека? Христианский бог, таким образом, сам должен бы быть ответствен за грехи, за зло в мире.
Согласно Помпонацци, бог не имеет свободной воли, его «деятельность» строго детерминирована, она сама является естественной, природной необходимостью. И лишь в этом случае он не должен обвиняться в ответственности за мирское зло. Зло также принадлежит к необходимости — борьба добра и зла выражает необходимую противоречивую гармонию мира. С этой точки зрения социальное неравенство лишь релятивно, но в общем принадлежит к целостной, противоречиво проявляющейся гармонии мира. Эти мысли можно оценить как подходы к диалектическому мышлению. Помпонацци отождествляет бога с фатумом, природной необходимостью, что показывает его ориентацию на пантеизм.
Продолжателями идей Помпонацци были прежде всего логик Жакоб (Яков) Забарелла из Падун (1532—1589), Лучилио Вамини (1585—1619) и др. В XVI в. спор между александристами и аверроистами затих, аристотелики приняли компромиссное решение. Среди тех, кто дальше развивали подлинное учение Аристотеля, находился и естествоиспытатель Андреас Цесальпиний (1519—1603), придворный папский лекарь, ученый, который открыл закон кровообращения, систематизатор растительного мира.